O PQC-CBC pretende atuar nos moldes do NSQIP, mas ajustado à realidade e às necessidades do Brasil. Por tratar-se de uma iniciativa colaborativa, as instituições participantes terão um papel fundamental para o seu sucesso.
Inicialmente, haverá uma fase piloto onde a estrutura organizacional do PQC-CBC será avaliada. A duração desta fase é estimada em três a seis meses esta prevista para o primeiro semestre de 2008. Somente após esta O PQC-CBC será disponibilizado para as demais instituições que tenham interesse em participar.
Em um primeiro momento, o PQC-CBC pretende caracterizar os procedimentos cirúrgicos do aparelho digestivo e os pacientes a eles submetidos. Esta fase de caracterização possibilitará a mensuração de eventos de morbidade e letalidade associados aos procedimentos, e o desenvolvimento de modelos probabilísticos para estimar a probabilidade de ocorrência destes eventos. A partir destas análises será possível a identificação de oportunidades para a melhoria da qualidade dos procedimentos e do cuidado dos pacientes, bem como a geração de estimativas risco-ajustadas.

As atividades do programa podem ser resumidas da seguinte forma:
- Os hospitais fazem contato com o Centro Coordenador do PQC-CBC para se afiliarem ao programa;
- O comitê coordenador do PQC-CBC aprova a afiliação do hospital com base nos critérios estabelecidos para ingresso no programa;
- Os procedimentos cirúrgicos que serão inicialmente contemplados serão os do aparelho digestivo;
- Os hospitais participantes designarão um gerente e uma equipe responsável pela condução do programa em nível local;
- As equipes dos hospitais receberão treinamento especifico para a familiarizarem-se com os procedimentos e definições das variáveis que serão coletadas para o programa;
- Os hospitais coletam um conjunto padronizado de informações de caracterização dos procedimentos cirúrgicos e dos pacientes. Serão contempladas informações referentes dos períodos pré-, intra-, e pós-operatório;
- Os hospitais enviam estas informações ao Centro Coordenador do PQC-CBC através de meio eletrônico. A proteção e a confidencialidade das informações serão preservadas em todas as hipóteses;
- Após as análises dos dados, o Centro Coordenador do PQC-CBC enviará relatórios confidenciais estruturados (semestrais e um consolidado anual) para cada hospital participante;
- Após a fase inicial de diagnóstico e de elaboração dos modelos, os hospitais receberão relatórios adicionais com análises risco-ajustadas;
- Com base nos relatórios, Centro Coordenador do PQC-CBC identificará oportunidades para a promoção de estratégias coletivas para a melhoria da qualidade em cirurgia e do cuidado dos pacientes;
- Com base nos relatórios, cada hospital participante poderá também identificar oportunidades para a promoção de estratégias locais para a melhoria da qualidade em cirurgia e do cuidado dos pacientes;
- O PQC-CBC promoverá encontros anuais (durante seu congresso) para treinamento dos procedimentos, apresentação dos dados e discussões sobre o desenvolvimento do programa.
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